Der Name Selhof entstand im Siedlungsgebiet eines Herrenhofs aus fränkischer Zeit. Der Salhof, Saalhof oder Sedelhof wurde 1068 erstmals als Selehova urkundlich erwähnt.
Der Weinanbau beginnt vor mehr als 1100 Jahren, die Blütezeit in Selhof und Honnef um 1400 mit Weingärten bis zum Rhein, allesamt im Besitz von Adel und Klerus. Dramatischer Schädlingsbefall und Honnefs Hinwendung zum Kurort um 1900 bedeuten auch für Selhof das Ende des Weinbaus und für den kleinen Ort die Anerkennung als Luftkurort.
Eine große Feuersbrunst im Mai 1784 zerstörte 61 von 115 Fachwerkhäusern mitsamt Ställen, Vieh sowie Scheunen mit Viehfutter und Lebensmittelvorräten. Den Flammen zum Opfer fiel auch die 1451 erstmals erwähnte Kapelle, die dann 1801 auf Betreiben der Speckermönche wieder aufgebaut wird: „…oben gestaucht, das Chörchen mit Ziegelsteinen belegt, den Boden gepflastert, die Wände geweißt“.
Häuser aus Stein sind nicht vom Brand betroffen, wie der Fuckenberger Hof, jetzt Selhofer Straße 14. Der gegenüberliegende Landsitz der Freiherrenfamilie von Proff-Irnich, Selhofer Straße 11/13, befindet sich ab 1896 im Besitz des Erzbistums Köln. 1907 wurde hier ein Heim für erholungsbedürftige Priester eingeweiht, das Antoniusheim, 1947-2019 Katholisch-Soziales Institut.
1876 bekam Selhof eine eigene Schule. 1932 erfolgte die Grundsteinlegung zur ersten Selhofer Kirche.
Das Areal Menzenberg, eine Ansiedlung außerhalb, nach Rheinbreitbach hin, wurde durch die Wohnplätze Zickelburg, Hagerhof und Menzenberg gebildet. Hier wohnte Karl Simrock in seinem „Haus Parzival“.
Die Bewohner lebten lange Zeit vom Weinbau, später sorgten Obstbäume und Erdbeerfelder für ein bescheidenes Einkommen. Geerntet wurde für die drei großen Konservenfabriken in Rheinbreitbach, Honnef und Rommersdorf. Der Obstanbau und diese Betriebe sind einer stetigen Erweiterung der Wohnbebauung gewichen. Gute Weinlagen wurden zu guten Wohnlagen. Der dörfliche Charakter Selhofs ist jedoch geblieben.